かつて、まじめ系サイトを運営した経験がありました。(閉鎖時のアクセスは20万弱)
そこでの経験を言うと、管理人Ｍさんの対応は火に油を注ぐようなものだと感じていました。
不正コメントをした者に非があるとはいえ、管理人としては一方的だからです。

「削除」「アク禁」……受けた側はどれだけ落ち込むことでしょうか？
さらに。アク禁になるようなコメントというのは、登録者の目に触れて投稿者を傷つける要素もあり、二重の負の要素をもつといえます。


私も掲示板(当時、ブログは無かった)の削除は何十回としていますが、なるべく削除をさせないよう、意見形成に力を注いだものです。
一方、削除するときはスレッド丸ごと、というように、公平になるようにしたことも。


もちろん、「萌えコピ」のようなアクセスの多いサイトで読者の書き込みを全部チェックしたり、流れに介入するのは不可能。
となると、必要なのは火を消すことではなく、火災を起こさせないことではないでしょうか？


他サイトを引き合いに出して悪いのですが「ノクターンノベルズ」がリニューアルされコメント(感想)投稿が登録制(ユーザーログインしないと投稿できない)になりました。
(元々、ノクタはコメントを作者が自由に削除できるのにも関わらず、です)

そんな時代になりつつあるのかもしれません。
そこまで縛ると、コメントが激減してしまうので、寂しいことですが


自サイト内でのみ発言する個人的意見として、次の対策が良いと思います。(全部ではなく、一つでも効果は期待できます)

・投稿時に作者がコメント欄の有無を選択出来るようにする。(投票は全ての作品に付ける)
・コメント欄は、作者が操作(消去のみ)できるようにする。(操作画面は暗証キーかトリップで入る)　
・コメント欄が荒れたと判断したとき、管理人はアク禁ではなく、コメント全部を削除。荒れた原因が作品にある場合には作品ごと削除。

萌えコピには会員登録はそぐわないと思いますので、ノクタ方式は難しいでしょう。
これにより、コメント欄での意味のない会話は不可能となりますが、コメント欄の本来の趣旨から考えると、雑談は別の場所でお願いした方がいいかと思います。